Mon employeur a eu un refus de la Direccte pour sa demande d’activité partielle et me fait une retenue sur salaire, est ce légal ?

Non ce n’est pas légal. Si vous n'avez pas travaillé alors que l'employeur a essuyé un refus de la Direccte, il lui revient d'en assumer le coût. Donc l’employeur doit vous rémunérer comme à l’accoutumé, sans retenue sur salaire.